一、先放後稅之申請
（一）納稅義務人申請限區擔保：申請人應填具「（納稅義務人申請限區或通區擔保用）進口貨物先放後稅申請書」及「進口貨物先放後稅擔保額度同意受託報關行使用聲明書」，並提供本辦法第四條第一項第一款至第五款之擔保向海關投遞申請。
（二）報關行申請間接擔保：申請人應填具「（報關行申請用）進口貨物先放後稅申請書」，檢同「（○○授信機構）擔保按先放後稅進口貨物應繳稅費保證書」，向海關投遞申請。
（三）不論廠商或報關行於申辦先放後稅時，尚需檢附下列證明文件：營利事業登記證正本及影本（影本須加蓋進出口大小章，註明「與正本無訛」字樣，正本驗畢後發還）。
二、申請人提供擔保之處理
（一）授信機構保證之處理：海關進口押金單位核對「（○○授信機構）擔保按先放後稅進口貨物應繳稅費保證書」第一、二聯授信機構負責主管或有權簽發保證人員留存各地區關稅局之印鑑相符後，應辦理對保或以雙掛號郵寄方式將第二聯寄至該授信機構簽認擲回以替代對保手續。
（二）銀行、信用合作社定期存單、信託投資公司一年以上普通授託憑證、政府發行之公債卷之處理：
１、質權設定：由出質人檢送「質權設定通知書」至海關進口押金單位，再移總務室用印後退回出質人，憑向銀行、信託投資公司通知質權設定予海關。
２、復函查證：海關進口押金單位俟取得銀行、信用合作社、信託投資公司同意辦理質權設定復函後，應辦理查證工作或以雙掛號通信方式將復函寄送簽認擲回，以替代查證工作。
３、寄存國庫：海關進口押金單位經查證上述情形無訛後，將定期存單（出質人須背書）、銀行復函（同意函）、實行質權通知書、質權消滅通知書、造具國庫保管品寄存證移交總務室代辦國庫寄存手續。總務室於寄存證第四聯辦妥並退押金單位後，再造具保管款收入日報表及保管品收據連同寄存證第四聯送會計室。保管品收據則經核章後轉交出質人。
４、所質押之公共債卷，如為記名式債券者，由出質人負責辦理過戶於海關，其費用由出質人負擔。
三、先放後稅之核准與電腦建檔
申請先放後稅案件，經進口押金單位審核申請書並辦妥擔保品處理手續後，將全卷呈報上級核准後，始得以有關程式登錄有關資料，並將審核案號給予申請人，海關正式以電腦控管先放後稅通關。
四、報單之申報與放行
（一）納稅義務人或報關行於製作先放後稅報單時，不論連線或非連線，依稅款不同扣繳方式，於報單「繳納方式」欄位（11）田列不同代碼：
１、代碼3 ─ 銀行繳現（臨櫃線上扣繳）。
２、代碼4 ─ 啟動納稅人帳戶扣款（EDI線上扣款）。
３、代碼5 ─ 啟動報關業者帳戶扣款（EDI線上扣款）。
（二）報單「案號」欄位（12）填列先放後稅核准案號。
（三）報單經上述申報後，屬連線報關者於電腦收單後，屬非連線報關者於收單ˋ計稅及分估無訛後，電腦自動檢核報單上海關先放後稅額度檔之擔保額度餘額是否足夠扣抵進口稅費或保證金，若擔保額度足夠，電腦即自動扣除額度，並列印該筆稅款繳納證或國庫專戶存款收款書後自動發出放行訊息。
五、稅款繳納及恢復額度
納稅義務人持上述稅費繳納證，可依下列方式繳納，完稅後經電腦登錄，即可自動恢復保證金額度。
（一）臨櫃繳納：
１、納稅義務人或報關人持稅費繳納證至與「金資網路」連線之銀行繳稅，收稅銀行須以通匯方式透過「金資網路」傳輸資料至通關網路轉至海關電腦檔自動入帳並完成登錄後自動恢復額度。
２、納稅義務人或報關人持稅款繳納證至與通關網路有直接連線之收稅銀行繳稅，收稅銀行將資料傳輸至通關網路轉至海關電腦檔自動入帳並完成登錄後自動恢復額度。
（二）EDI線上扣繳：報關人以連線申報EDI線上扣繳，並接收海關發出之「稅費繳納通知」訊息，報關行或進口商利用稅費支付系統製作「付款指示」訊息傳送通關網路轉送至往來銀行自動轉帳、自動發出「扣款成功」訊息給付款人，及「進帳通知」訊息給海關電腦檔自動入帳並完成登錄後自動恢復額度。
（三）駐關收稅處繳納：納稅義務人或報關人持稅款繳納證至台銀各地分行或駐海關收稅處繳納稅款後，海關稅款登錄人員憑海關存查聯登錄後即可自動恢復額度。
（四）至於原擔保稅款保證金者，應於海關發出國庫專戶存款收款書經繳納後或解除擔保後始得恢復額度。
六、稅費有無繳納之控管
（一）各通關單位每日得以有關程式列印前一日「先放後稅保證金額度使用明細日報表」，查對使用額度情形。
（二）各通關單位每日以有關程式列印「先放後稅逾期未繳清稅費明細表」，所謂逾期即逾核發稅單十四日者，逾期未繳稅者，核發催繳通知書，如逾七十四日仍未繳清者，各通關單位應檢同未繳稅費全卷資料移送進口押金單位，憑以辦理追繳及取償措施。
七、擔保終止之處理
（一）先放後稅擔保原因消滅或擔保期間屆滿，得於納稅義務人繳清應稅各項稅費或辦訖應辦手續後，依其申請退還其擔保品或解除擔保責任。
（二）在退還其擔保品或解除擔保責任之前，應先查明有無未繳清稅費及未恢復額度案件，即以有關程式列印先放後稅廠商有無逾期未繳清稅費及未恢復額度案件，如仍有未繳清稅費及未恢復額度者，應俟其全部繳清及恢復額度後再作下列處理：
１、終止擔保：發函擔保機構解除擔保責任（副知廠商）。
２、退還擔保品：繕具保管品退還日報表，通知其領回擔保品。
３、電腦銷檔：以有關程式將有關資料鍵入電腦銷檔。
資料來源：最新海關通關業務精解 陳順利編著
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